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Selon l’article 9 du décret en question, le fonctionnement du Conseil d’Administration est fixé par un Règlement d'Ordre Intérieur approuvé par le Ministre de tutelle.

Le même décret poursuit en indiquant que le mandat des membres du Conseil d'Administration est de quatre ans renouvelable une seule fois. Les membres sortants restent en fonction jusqu'à la nomination de leurs successeurs.

En cas de faute grave ou de désintérêt manifeste dûment constaté d'un membre à l'égard des travaux du Conseil d'Administration, le Président du Conseil d'Administration est tenu de faire rapport au Ministre de tutelle pour toutes fins utiles. La durée du mandat visé au premier paragraphe peut être écourtée par le Président de la République sur proposition du Ministre de tutelle. Le remplaçant achève le mandat en cours. Il en est de même en cas de décès, de démission ou de toute autre impossibilité définitive pour un membre de siège.

Sans préjudice des directives du Ministre de tutelle, le Conseil d'Administration définit l'orientation générale des activités de l'école et contrôle sa direction. A cet effet, il exerce les prérogatives suivantes :

- Adopter le règlement général de l'école comprenant le règlement d'ordre intérieur, le règlement des formations, le manuel des procédures administratives et financières, les statuts des personnels ;
- Approuver le programme annuel des activités et le rapport annuel élaboré par la direction ;
- Approuver les programmes de formation et de recherche proposés par la Direction de l'école;
- Arrêter le budget de l'exercice en cours ;
- Approuver les bilans de l'exercice écoulé ;
- Approuver l'engagement et le licenciement du personnel ayant une formation universitaire du niveau baccalauréat au moins ;
- Veiller à l'exécution de ses décisions par la Direction de l'école;
- Se prononcer sur toute question lui soumise par la Direction de l'école ou le Ministre de tutelle.

A l’article 16, il est indiqué que le Directeur Général a la responsabilité générale du fonctionnement de l'Ecole dans le cadre des orientations tracées par le Ministère de tutelle et le Conseil d'Administration. A ce titre, il est notamment chargé de :

- Coordonner toutes les activités de l'école ;
- Exécuter des décisions du Conseil d'Administration et du Ministre de tutelle ;
- Planifier et mettre en œuvre le plan stratégique de l'école ;
- Mobiliser les ressources ;
- L'administration du personnel de l'école ;
- Etablir un budget prévisionnel et son exécution ;
- Assurer le suivi et la passation des marchés publics ;
- Engager les dépenses dans les limites autorisées par le Conseil d'Administration ;
- Veiller au contrôle de l'encaisse et des écritures comptables ;
- Organiser le travail et la discipline au sein de l'école ;
- Veiller à l'établissement du bilan en fin d'exercice ;
- Engagement du personnel qui ne rentre pas dans les prérogatives du Conseil
- d’Administration ;
- Entretenir des relations de collaboration et d’échanges avec les institutions nationales et internationales ayant des missions similaires ;
- Représenter l’Ecole en justice et auprès des tiers.